法蘭克福大學創(chuàng)辦的歷史可以追溯到1890年，F(xiàn)ranz Adickes 擔任法蘭克福市長任內(nèi)。他認為隨著產(chǎn)業(yè)與文化的進展，本市應設立一所大學。當?shù)剜l(xiāng)紳望族與知識份子紛紛響應籌建，在德皇威廉二世1914年下詔將學校定名為普魯士國立的“法蘭克福大學”之前，學校早已開始從事教學研究工作，又因建設經(jīng)費主要透過民間集資而來，并非國家主導，當時故有“市民大學”（德語：Die Bürgeruniversität）之美稱。其中又以銀行家喬治詩貝亞的遺孀，F(xiàn)ranziska Speyer 夫人捐贈的1400萬金馬克最為關(guān)鍵，讓法蘭克福大學躍升為當時首都柏林以外，設備最齊整的大學。此一發(fā)展基礎在德國大學史上寫下富有特色的一頁。

法蘭克福大學正式建于1914年，目前已發(fā)展成為德國最有名望的大學之一。它是靠法蘭克福市民的捐贈建立起來的。捐贈是法蘭克福的傳統(tǒng)，多年來企業(yè)、團體和普通市民眾多的捐贈活動讓這一傳統(tǒng)一直保持著生命力。捐贈基金由大學的朋友和支持者共同管理。

大學與臨近的達姆斯塔特技術(shù)大學和美因茲大學以及當?shù)氐目蒲袡C構(gòu)在多方面都有密切合作。作為當?shù)乜蒲袡C構(gòu)的領導者，該大學將積極投身于萊因-美茵地區(qū)的發(fā)展建設視為己任和挑戰(zhàn)。憑借其科技實力和實踐經(jīng)驗，這座大學已成為社會、政治、經(jīng)濟和文化課題的解決中心。

1932年，以德國最受景仰的人文思想家歌德之名為大學命名，直到今日。據(jù)此，法蘭克福大學又被稱作歌德大學（德語：Goethe-Universität），簡稱“歌大”（德語：Goethe-Uni），并與市內(nèi)其他采用法蘭克福城市名的高等院校作出區(qū)別。

1950年代以后，新馬克思主義學者們在法蘭克福大學大放異彩，“法蘭克福學派”之名不脛而走，成為二十世紀后半葉影響世界政治、經(jīng)濟、法律、社會重要的批判思潮。2014年，在歐洲大學史上相對年輕的法蘭克福大學正式迎來百年校慶，并遴選新校長。2015年一月，由經(jīng)濟學家沃爾芙（德語：Birgitta Wolff）教授出任創(chuàng)校百年首位女性校長。